OpenTTD - современная игра, клон Transport Tycoon Deluxe с открытым исходным кодом, написанный на C и С++. Содержит ряд ключевых улучшений и возможность игры по сети. На данный момент это главное направление развития игры.
Я думаю, тут может помочь только настроенное расписание. Ну или пора двухпутную дорогу строить, если интенсивность движения требует. Или хотя бы больше путей на станциях делать.
Путей на станциях много понадобится, где-то 20 штук, но тогда экономичней двухпутку строить, а это другая тема. Расписание - вариант, еще один - ставить накопительные депо, тогда пострадает "реалистичность" станций.