Если смотреть на скриншот, то пенальти движения в депо (два обратнорасположенных светофора + пенальти депо) больше, чем пенальти движения по правой линии, где стоит поезд. Вот он и ждёт.
Как вариант, можно подправить пенальти в ini-файле, но делать это надо до игры. Можно поправить пенальти на ходу, через консоль, но надо посмотреть синтаксис команд. И самый игровой метод - использовать светофоры. Обратно расположенный двусторонний маршрутный добавляет чуток пенальти. Их можно натыкать на правой линии подряд. Более правильно полагаю убрать два депо справа (зачем их 2?) и светофоры, отделяющие их от блока входа на станции тоже убрать, чтобы составы ждали в депо, если нет свободных платформ, а не торчали носами.
Ещё вариант - отказаться от маршрутных и перейти к пре-сигналам. На депо всегда стоит "прибитый гвоздями" выходной светофор. Немного логики, и блок перед станциями будет проходим, повинуясь логике. Поскольку разворота на станции нет, то чтобы вернуться, откуда пришли, составам понадобятся депо с обоих сторон станции. Либо специальные разворачивающие тупики-лапки (-C-----<). C - двусторонний обычный светофор, тире - рельсы по длине состава, < - раздвоение рельсов, нужно для алгоритма поиска пути.