Смысл всех настроек ***_penalty в том, что они помогают выбрать поезду оптимальный маршрут. Допустим, алгоритм поиска обнаружил несколько маршрутов от текущего местоположения до конечной цели. Как выбрать оптимальный? А все очень просто. Поезд (или авто, не важно) выбирает маршрут с наименьшей "стоимостью". Дело в том, что в процессе поиска маршрута рассчитывается общая стоимость пути как сумма стоимостей всех участков маршрута. Что такое стоимость участка? Это некое число, которое характеризует предпочтительность или "удобство" данного участка маршрута. Например, участок на склоне будет стоить больше, чем ровный участок или, скажем, поворот будет "дороже" прямой. Чем меньше это число, тем лучше. Соответственно, после поиска пути, для каждого варианта мы будем свое просуммированное число. Транспорт выберет тот путь, у которого это число будет наименьшим.
Теперь смысл значений пенальти. На пути транспорта встречаются различные объекты. Мосты, туннели, светофоры, жд переезды, и т.д. Так вот, каждый такой объект увеличивает "стоимость" участка пути на некоторое число. Эту "добавочную стоимость" как раз и задают настройки с суффиксом _penalty. Например, значение yapf.rail_pbs_cross_penalty прибавляется к "стоимости" участка жд, на котором стоит PBS сигнал. По названиям остальных настроек легко догадаться, за счет каких объектов и насколько они "утяжеляют" кусок пути
Соответственно, увеличивая это число, мы увеличиваем "стоимость" маршрута, проходящего через этот объект.
Вот такая вот магия...
Я бы, конечно, посоветовал воздержаться от сильного изменения таких параметров, поскольку они подобраны оптимально разработчиками и может случиться так, что в одном месте это действительно решит проблему, а в другом начнутся такие косяки, что замучаешься разгребать. Эти параметры неслучайно "забыли" добавить к настройкам игры